Das Gesundheitsamt überwacht die Badewasserqualität routinemäßig während der Saison. So wird das Badewasser der EU-Badegewässer Abtsdorfer See, Höglwörther See und Thumsee monatlich überprüft. Bei besonderen Anlässen wie nach Unwettern oder beim Verdacht auf Algenblüte wird vermehrt kontrolliert. Aus dem Au-See bei Freilassing werden bei entsprechender Wassertemperatur Proben entnommen.
Untersucht wird vor allem auf Fäkalkeime (Colibakterien), die ein wichtiger Indikator für die Belastung des Badewassers sind. Zusätzlich werden der pH-Wert, die Sichttiefe und andere chemische Einflüsse bewertet. Denn die wichtigste Voraussetzung für ungetrübte Badefreuden ist eine einwandfreie hygienische Beschaffenheit des Wassers.
Alle Untersuchungen der letzten Jahre und auch die bisherigen drei Proben von 2019 bestätigen die stets guten mikrobiologischen Befunde in allen drei Seen. Es wurden nicht einmal die geltenden Leitwerte erreicht – von den Grenzwerten sind die Gewässer somit weit entfernt.
Alle Untersuchungsergebnisse und die Bewertung der Wasserqualität der Badeseen werden vom Gesundheitsamt aktuell auf der Website des Landratsamts unter www.lra-bgl.de veröffentlicht. Darüber hinaus sind dort viele weitere Informationen über die Badeseen und die Schwimmbäder im Landkreis zu finden. An den größeren Badestellen der Seen sind zusätzlich die aktuellen Messergebnisse und ein Profil des Gewässers auf einer Schautafel dargestellt.